Мать, Арлин Шэрон Феникс (Arlyn Phoenix, урождённая Дунец, род. 1944), происходила из семьи осевших в Бронксе еврейских иммигрантов из Венгрии и России; его отец из испано–ирландской семьи, Джон Ли Баттом (англ. John Lee Bottom), был уроженцем Калифорнии. Его родители были членами секты «Дети Бога» и занимались миссионерской деятельностью, путешествуя по Южной Америке.
Эта секта с 1974 года впервые опробовало новый метод «евангелизации», названный «рыбалка флиртом», суть которого заключалась в использовании секса, чтобы продемонстрировать Божью любовь и привлечь новых членов в движение. Также он служил способом заработка денег, где женщины движения играли роль проституток. «Рыбалка флиртом» сравнивалась при этом с так называемой религиозной проституцией. Эта практика была прекращена в 1987 году.
В 1978 году родители Хоакина и Ривера вышли из секты и перебрались во Флориду, сменив фамилию на Феникс. Мать Хоакина устроилась на работу в NBC в отдел кастинга. Их дети начали сниматься в рекламе и телесериалах.
В семье Джона Ли и Арлин Феникс было пятеро детей. Это сыновья Ривер (1970—1993) и Хоакин, дочери Либерти, Рейн и Саммер.